هرچند رسیدگی به وضعیت بهداشتی بوفههای مدارس طی سال های گذشته از اولویت‌های اصلی وزارتخانه‌های بهداشت و آموزش و پرورش بوده است اما هنوز هم گاهی دیده می‌شود که وضعیت بهداشتی بوفه‌ها و مواد خوراکی‌ای که در آنها به فروش می‌رسد، استانداردهای لازم بهداشتی را ندارند.طیبه الهی، کارشناس بهداشت محیط وزارت بهداشت در این‌باره می‌گوید: در زمان حاضر، ۷ اولویت اساسی برای کنترل بهداشت مدارس بر اساس آیین نامه قدیم پیگیری می‌شود که دسترسی به آب آشامیدنی سالم در مدارس، دسترسی به سرویس‌های بهداشتی، بوفه مدارس و مواد غذایی عرضه شده در مدارس، وضعیت بهداشت کلاس‌های درس و وضعیت ایمنی ساختمان مدارس مهم‌ترین آنهاست.
بر اساس این دستورالعمل مهم‌ترین شروط داشتن یک بوفه سالم در مدارس عبارتند از: بوفه مدرسه باید در مکانی قابل دسترس و در معرض دید و کنترل مسئولان مدرسه باشد. همچنین از محل جمع‌آوری زباله دور بوده و در و پنجره آن به توری مجهز باشد. همچنین برای نظارت بر بوفه مدارس، از مشارکت انجمن اولیا و مربیان و کارشناس ارشد بهداشت محیط و مواد غذایی دانشگاه علوم پزشکی استان، بهره گرفته شود. کارکنان بوفه‌ها هم باید دارای کارت بهداشتی باشند.
در این بخشنامه از مسئولان مدارس و اولیا خواسته شده از عرضه اقلامی که ارزش غذایی کم دارند و نیز محصولات غذایی بدون بسته‌بندی و یا فاقد پروانه ساخت و کد بهداشتی و تاریخ مصرف جلوگیری شود. این بوفه‌ها باید به عرضه موادی مانند ساندویچ نان و پنیر، نان و تخم مرغ، شیر پاستوریزه، استریلیزه و فراورده‌‌های آن مانند دوغ، پنیر و...، بیسکویت، کلوچه و کیک‌هایی که کد بهداشتی و پروانه ساخت دارند و به طریق بهداشتی تهیه و بسته بندی شده‌اند، انواع تنقلات سنتی مثل نخودچی و کشمش، خرما، انواع خشکبار، انواع میوه‌ها مثل سیب و گلابی، نارنگی، پرتقال و سبزیجاتی مانند هویج که کاملا شسته شده است تشویق شوند.
دکتر شیخ‌الاسلام، کارشناس تغذیه، بهترین میان وعده در مدرسه را شیر می‌داند و می‌گوید: شیر به همراه بیسکویت سبوس‌دار، می‌تواند میان وعده مفیدی برای دانش‌آموزان محسوب شود. دفتر بهبود تغذیه جامعه وزارت بهداشت نیز کیک و کلوچه غنی شده با ویتامین A+D را تهیه کرده که پس از طی مراحل کنترلی و دریافت پروانه از وزارت بهداشت به بوفههای مدارس عرضه خواهد شد. این محصول تا ۳۰ درصد نیاز به ویتامین A و آهن را تامین می‌کند. وی فروش میوه در بوفه مدارس را روشی پسندیده دانسته و اظهار می‌دارد: از آنجایی که میوه‌ها سرشار از ویتامین و املاح هستند، می‌توانند میان وعده مناسبی برای دانش‌آموزان باشند. وی می‌افزاید: انتظار ما این است که همه گروه‌های سنی، صبحانه کاملی را صرف و یک میان وعده مغذی را نیز قبل از صرف ناهار میل کنند و از آنجایی که کودکان کوچک‌تر، نیاز به حجم غذای کمتری دارند لذا بخشی از نیاز روزانه‌شان را باید از این میان وعده‌ها تامین کنند .
